「光の結社」を巡るあの戦いが決着する頃、デュエルアカデミアではもう1つの戦いが決着しようとしていた…
天上院明●香との最後の決闘を制し、GX（ジェネックス）カップの優勝を飾ったのは赤い帽子のあいつだった！？

彼に負けてしまった明●香は、赤帽子とGX（ジェネックス）カップの前に交わした『ある約束』を実行に移すこととなるのだが…？