近未来の日本。

東京は二十一世紀初頭に起きた相次ぐ地震のせいで砂漠と化し、周縁には無国籍のスラムが広がっていた。

その砂漠の中心にあるのが東京少年刑務所、通称東京プリズン。

少年犯罪の増加に頭を痛めた政府が半世紀前に設立した、入ったら二度と出られないと言われる悪名高い刑務所。

それぞれの理由を抱えて劣悪な刑務所に送りこまれた少年たちの群像劇。

本編終了から数年後、斉藤と安田が恵を引き取って育てる後日談。