この世界では、ほとんど女子しか生まれない、超男性不足に陥っていた。

山下ハルカはある日、政府主催の全裸ミッドナイトハイクに参加。

国道沿いの5つの宿を経過する過程で妊娠をしなければ処分されるという謎のミッション。
処分とは？
何もわからない。

最初、幼馴染のヨドミやわかなと出会い、一見楽しそうな旅だったが、草加宿で2人は死んでしまう。
そして、その様子を見ていた狩野サナが、ハルカと行動を共にする。
運営を潰す！
その目的で共闘することを誓う。

その後、トイレなどで苦労しながら全裸で先へ進む。
佐藤美鈴に出会