前回までの超越戦姫プライムレンジャーV
復活を遂げたノワールギス軍大首領ノワール
そして新たに生み出された怪人ストール、その攻撃によってプライムイエローは快楽に溺れ
洗脳戦闘員へと変えられてしまうーー
だが、諦めないプライムレッドとブルー決死の作戦によって怪人ストールを撃破、イエローを救出するのであった。

プライムレンジャーは無事3人に戻る事ができたかに思えた…
しかし、ある日こつぜんとプライムレッドことアカネは消息をたってしまうのであった。

そして
大首領ノワールの元で