俺…神崎真弥（かんざきしんや）は普段は都会で暮らす普通の学生。
だが実は、神社の跡取りでもあり神族の血を継いでいる。
そんな俺は学校の夏休み中のある日、現・神主でもある祖父から呼び出しを受け田舎に帰ってきていた。
そこで祖父の代理である神社に祀られている神・友狐（ゆうこ）さんから紹介され、生前戦乙女として戦場で散った聖女であり、死後神格化され女神となったリリィと出会う。
しかし、変わりゆく世の中の影響を受け信仰者が減ってしまい、彼女は神の力を失いつつあり消滅しそうになっていた…そして、俺が言いつけられた