患者に取り憑いて病気をひきおこす妖怪、『病魔』――。
その『病魔』を退治するために、『魔法病院』から遣わされた妖精『マジカル・ドクター』。
そして『マジカル・ドクター』に協力する人間の少女『マジカル・ナース』たち。
秘匿されながらも『魔法』が存在する世界。
その世界の少女、九条みいなの前に現れたのは、魔法世界から人間界へと逃亡した犯罪者『魔犯人』を追いかけてきた『魔法警察』の魔法刑事、ヤマだった！『魔犯人』の罠にハマって魔力を奪われ、ぬいぐるみに封印されてしまったヤマに協力を求められたみいなは快諾する。
両親が現職警察官で正義感が強く、潜在的に巨大な魔力を持っているみいなは『魔法警察』と同盟関係にある『魔法病院』から提供された変身アイテムで『魔法の警察マジカル・ポリス』として『魔犯人』を捕獲することになった！！